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ecovirt:roteiro:sucess:suc_distrcmdr

Distúrbio e Coexistência - Roteiro no Ecovirtual

noiteestrelada.jpg Vamos investigar nesse exercício modelos de sucessão e incorporar neles distúrbio. No exercício de coexistência de duas populações simulamos distúrbio através da taxa de extinção. Vamos partir desse modelo e avaliar o que acontece com a coexistência conforme aumento da intensidade do distúrbio. Vamos relembrar o modelo de coexistência e o exercício que fizemos Coexistência em Metapopulações. Tínhamos duas espécie, sendo a primeira melhor competidora pois podia colonizar manchas já ocupadas pela outra, enquanto a segunda só colonizava manchas vazias. A variação na ocupação de manchas era dada por:

$$ (df_1)/dt = i_1f_1(1-f_1)-p_e f_1 $$

$$ (df_2)/dt = i_2f_2(1-f_1-f_2)-i_1f_1f_2-p_e f_2 $$

onde:

  • f = fração de manchas ocupadas
  • pe = probabilidade de extinção por mancha
  • i = taxa de incremento da probabilidade de colonização com o aumento de f
  • A taxa de colonização, portanto, é o produto i.f, e varia com a fração de manchas ocupadas (quanto mais ocupação, mais propágulos).

Para que a espécie dois persistisse no sistema era necessário que:

$$ e/i_{(1)} > i_{(1)}/i_{(2)} $$

EcoVirtual

Para prosseguir você deve ter o ambiente R com os pacotes Rcmdr e Ecovirtual instalados e carregados. Se você não tem e não sabe como ter, consulte a página de Instalação.

Caso já tenha o R e pacotes instalados

Carregue o pacote principal Rcmdr.Plugin.EcoVirtual pelo menu do R Pacotes > Carregar Pacotes, ou pela linha de comando com o código:

 library("RcmdrPlugin.EcoVirtual") 

Para rodar as simulações aqui sugeridas é necessário apenas abrir a Meta Competition que se encontra no menu EcoVirtual>Two species> Meta Competition… . A janela dos parâmetros do modelo se abrira:

metacomp.png

Segue abaixo a descrição dos parâmetros do modelo para relembrarmos:

opção parâmetro definição
data set objeto no R guarda os resultados
Maximum time tmax Número de iterações da simulação
coluns cl número de colunas de habitat da paisagem
rows rw número de linhas de habitat da paisagem
Best Competitor Parâmetros para a melhor competidora
initial occupance f01 proporção de manchas ocupadas no inicio pela sp1
colonization coef. i1 coeficiente de colonização i das sp1
Inferior Competitor Parâmetros para a pior competidora
initial occupance f02 proporção de manchas ocupadas no inicio pela sp2
colonization coef. i2 coeficiente de colonização i da sp2
Both Species Parâmetros comuns para as duas espécies
prob. extinction pe probabilidade de extinção
Habitat Destruction d proporção de manchas não disponibilizadas
Show simulation frames anima=TRUE mostra cada tempo simulado

Simulando Distúrbio

Vamos simular um aumento crescente da probabilidade de extinção fixando os seguintes parâmetros:

tmax=100;
cl=100;
rw=100;
f01=0.1;
f02=0.1;
i1=0.4;
i2=0.8;
d=0;
anima=FALSE

Agora vamos variar a probabilidade de extinção para simular uma aumento de distúrbio:

  1. pe = 0.1
  2. pe = 0.2
  3. pe = 0.25
  4. pe = 0.3
  5. pe = 0.4
  6. pe = 0.5
  1. O que está acontecendo com o sistema conforme aumentamos a intensidade do distúrbio (pe)?
  2. Em que cenário o sistema é mais diverso?
  3. Interprete o comportamento da espécie pior competidora no início das quatro primeiras simulações. O que está acontecendo?
ecovirt/roteiro/sucess/suc_distrcmdr.txt · Última modificação: 2016/05/10 07:19 (edição externa)