en:ecovirt:roteiro:pad_spat
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
|
en:ecovirt:roteiro:pad_spat [2022/09/15 13:12] adalardo [Padrão Univariado: todos os pontos] |
en:ecovirt:roteiro:pad_spat [2022/09/15 13:35] (current) adalardo [Distribution of Palm Hearts in the Forest] |
||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| - | ====== Spacial Pattern ====== | + | ====== Spatial Pattern ====== |
| In this tutorial we are going to deal with recognizing one of the most basic patterns of a plant population: whether individuals are spatially closer or further apart than would be expected if they were simply randomly distributed (i.e., the location of an individual does not improve the prediction of where other individuals may be)). | In this tutorial we are going to deal with recognizing one of the most basic patterns of a plant population: whether individuals are spatially closer or further apart than would be expected if they were simply randomly distributed (i.e., the location of an individual does not improve the prediction of where other individuals may be)). | ||
| Line 31: | Line 31: | ||
| - | //**__Roteiro__**// | + | //**__Tutorial__**// |
| /* [[ep1| Parte 1]]: simulando amostras dentro da parcela; | /* [[ep1| Parte 1]]: simulando amostras dentro da parcela; | ||
| Line 44: | Line 44: | ||
| <WRAP center round box 40%> | <WRAP center round box 40%> | ||
| - | {{ :ecovirt:script:pattern.jpg |}} | + | {{ :ecovirt:roteiro:pattern.jpg |}} |
| Line 54: | Line 54: | ||
| In this practice we will quantify the spatial pattern using a multiscale method. Multiscale methods allow, with a single metric, to assess how the spatial pattern varies with scale. We will describe the spatial pattern for the total set of individuals in a population in a delimited area and we will assess the pattern from the scale of the neighborhood of individuals to the wider scale of the population. | In this practice we will quantify the spatial pattern using a multiscale method. Multiscale methods allow, with a single metric, to assess how the spatial pattern varies with scale. We will describe the spatial pattern for the total set of individuals in a population in a delimited area and we will assess the pattern from the scale of the neighborhood of individuals to the wider scale of the population. | ||
| <WRAP right round box 25%> | <WRAP right round box 25%> | ||
| - | {{ :ecovirt:script:mandelbrot-fractals-o.gif?|}} | + | {{ :ecovirt:roteiro:mandelbrot-fractals-o.gif?|}} |
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| Line 183: | Line 183: | ||
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| ==== Univariate Pattern: all points ==== | ==== Univariate Pattern: all points ==== | ||
| + | |||
| * 1. Check if the //Input data file// window is showing the .dat files. If not, check that the programita executable file is in the same folder as the //.dat// files. | * 1. Check if the //Input data file// window is showing the .dat files. If not, check that the programita executable file is in the same folder as the //.dat// files. | ||
| <WRAP center round box 60%> | <WRAP center round box 60%> | ||
| Line 190: | Line 191: | ||
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| - | * 2. in the menu on the left select the file ** default"0X"all.dat**. In the case **X** will be 1 or 2 depending on your choice; | + | * 2. in the menu on the left select the file ** padrao"0X"all.dat**. In the case **X** will be 1 or 2 depending on your choice; |
| <WRAP center round box 60%> | <WRAP center round box 60%> | ||
| - | {{ :ecovirt:script:files.png?300 |}} | + | {{ :ecovirt:roteiro:arquivos.png?300 |}} |
| Figure. //Programita// data entry window. | Figure. //Programita// data entry window. | ||
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| Line 201: | Line 202: | ||
| * 5. In //**Select modus of data**// select //**List with coordinates in the grid**//. When selecting this option, a window will appear with the option //**Select a new cell size**//: | * 5. In //**Select modus of data**// select //**List with coordinates in the grid**//. When selecting this option, a window will appear with the option //**Select a new cell size**//: | ||
| <WRAP center round box 60%> | <WRAP center round box 60%> | ||
| - | {{ :ecovirt:script:cell_size.png?300 |}}. | + | {{ :ecovirt:roteiro:cell_size.png?300 |}}. |
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| Line 209: | Line 210: | ||
| - | {{ :ecovirt:script:programita.jpg?300 |}} | + | {{ :ecovirt:roteiro:programita.jpg?300 |}} |
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| Line 226: | Line 227: | ||
| <WRAP center round box 80%> | <WRAP center round box 80%> | ||
| - | {{ :ecovirt:route:null_model.png |}} | + | {{ :ecovirt:roteiro:null_model.png |}} |
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| Line 267: | Line 268: | ||
| * interpret the result for each type of point; | * interpret the result for each type of point; | ||
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| - | ==== Padrão Bivariado: duas classes de pontos ==== | + | ==== Bivariate Pattern: two classes of points ==== |
| - | O //Programita// permite a análise de padrão de pontos de uma classe em relação a outra. Para isso é necessário diferenciar os pontos no arquivo de dados, utilizando 0 ou 1 nas colunas 3 e 4, como mostra a figura abaixo, em um arquivo que distinguia indivíduos adultos de juvenis: | + | |
| + | //Programita// allows the analysis of point pattern of one class in relation to another. For this, it is necessary to differentiate the points in the data file, using 0 or 1 in columns 3 and 4, as shown in the figure below, in a file that distinguished adult from juvenile individuals: | ||
| <WRAP center round box 80%> | <WRAP center round box 80%> | ||
| {{ :ecovirt:roteiro:ex_dados2.png?700 |}} | {{ :ecovirt:roteiro:ex_dados2.png?700 |}} | ||
| Line 274: | Line 276: | ||
| - | Vamos agora analisar o padrão dos pontos associados (PROLE) em relação aos parentais (PAR), seguindo o mesmo procedimento anterior. | + | Let's now analyze the pattern of the associated points (PROLE) in relation to the parents (PAR), following the same procedure as before. |
| - | * 1. selecione o arquivo com a separação de classes de pontos parentais e associados: //padrao"0X"bi.dat//; | + | * 1. select the file with the separation of classes of parent and associated points: //pattern"0X"bi.dat//; |
| - | * 2. em //**What do you want to do**// selecione a opção //**Point-pattern analysis**// | + | * 2. under //**What do you want to do**// select the option //**Point-pattern analysis**// |
| - | * 3. em //**How your data are organized**// selecione //**List**// | + | * 3. in //**How your data are organized**// select //**List**// |
| - | * 4. neste caso, estamos interessados na análise do padrão em escala cumulativa para entender até que distância há agregação, por isso, em //Which method to use// selecione //L-Ripley// | + | * 4. in this case, we are interested in the cumulative scale pattern analysis to understand how far there is aggregation, so in //Which method to use// select //L-Ripley// |
| - | * 5. em //**Select modus of data**// selecione //**List with coordinates no grid**// | + | * 5. in //**Select modus of data**// select //**List with coordinates in the grid**// |
| - | * 6. para testarmos se existe agregação dos pontos PROLE em relação ao PAR , utilizaremos o envelope de confiança. selecione a opção //**Calculate confidence limits**// e selecione o modelo nulo //**Pattern 1 fix, 2 random**//. | + | * 6. to test whether there is aggregation of PROLE points in relation to PAR , we will use the confidence envelope. select option //**Calculate confidence limits**// and select null model //**Pattern 1 fix, 2 random**//. |
| - | * 7. rode a análise apertando: //**Calculate index**// | + | * 7. run the analysis by pressing: //**Calculate index**// |
| - | * 8. interprete os resultados. | + | * 8. Interpret the results. |
| <WRAP center round box 80%> | <WRAP center round box 80%> | ||
| - | //**__Descubra o algoritmo__**// | + | //**__Discover the algorithm__**// |
| - | Algoritmo é uma sequência de passos para executar uma tarefa. Os pontos dos arquivos de dados foram gerados por um algoritmo muito simples em duas fases: primeiro foram gerados os pontos parentais e em seguida os pontos associados (prole). Descreva uma sequencia de tarefas ((p.ex: gerar 10 valores de x a partir de uma distribuição aleatória uniforme de 0 a 100; gerar valores de uma sequência de 10 a 90 a cada intervalo de 5 como o y.... )) que seria capaz de gerar a distribuição de pontos (incluindo ambas classes de pontos) que você observou a partir do seu arquivo de dados. | + | Algorithm is a sequence of steps to perform a task. The points of the data files were generated by a very simple algorithm in two phases: first the parental points were generated and then the associated points (offspring). Describe a sequence of tasks ((eg: generate 10 x values from a uniform random distribution from 0 to 100; generate values from a sequence of 10 to 90 at every interval of 5 as y.... )) which would be able to generate the point distribution (including both point classes) that you observed from your data file. |
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| ------ | ------ | ||
| ------ | ------ | ||
| - | ===== Distribuição Espacial de Palmitos na Restinga ===== | + | ===== Distribution of Palm Hearts in the Forest ===== |
| - | {{:ecovirt:roteiro:palmito00.jpg?300 |}} | + | {{:ecovirt:roteiro:palmito00.jpg?300 |}} |
| - | O Palmiteiro (//Euterpe edulis// Mart.) é uma espécie muito característica das florestas atlânticas e costuma ocorrer com densidades altas em áreas mais preservadas. Vamos agora analisar os dados referentes a uma população de palmitos que ocorre em uma parcela de floresta de Restinga na Ilha do Cardoso, Cananéia -SP. Os dados foram coletados nos anos de 2009/2010 em uma área de 10,24ha (320m x 320m). | + | |
| - | Preparamos três arquivos no formato lido pelo //Programita//: | + | The palm heart tree (//Euterpe edulis// Mart.) is a very characteristic species of the Atlantic forests and usually occurs with high densities in more preserved areas. We will now analyze the data referring to a population of palm hearts that occurs in a portion of Restinga forest on Ilha do Cardoso, Brazil. Data were collected in the years 2009/2010 in an area of 10.24ha (320m x 320m). |
| - | - dados de indivíduos juvenis (diâmetro do tronco entre 1 e 5 cm): {{ :ecovirt:roteiro:juvenil.dat |}} | + | |
| - | - dados de indivíduos adultos (diâmetro do tronco > 5 cm): {{ :ecovirt:roteiro:adulto.dat |}} | + | We prepared three files in the format read by //Programita//: |
| - | - juvenis e adultos (padrão 1 adulto, padrão 2 juvenil): {{:ecovirt:roteiro:juvenil_adulto.dat|}} | + | - data from juveniles (trunk diameter between 1 and 5 cm): {{ :ecovirt:roteiro:juvenil.dat |}} |
| + | - data from adult individuals (trunk diameter > 5 cm): {{ :ecovirt:roteiro:adulto.dat |}} | ||
| + | - juveniles and adults (default 1 adult, default 2 juvenile): {{:ecovirt:roteiro:juvenil_adulto.dat|}} | ||
| \\ | \\ | ||
| \\ | \\ | ||
| - | Utilizando as ferramentas disponíveis no //Programita// para descrever os padrões espaciais: | + | Using the tools available in //Programita// to describe spatial patterns: |
| - | * da população total de palmito; | + | * of the total population of palm hearts; |
| - | * apenas dos juvenis e; | + | * juveniles only and; |
| - | * apenas dos adultos. | + | * adults only. |
| - | Investigue se a distribuição dos juvenis está associada a dos adultos. | + | Investigate whether the distribution of juveniles is associated with that of adults. |
| <WRAP center round box 60%> | <WRAP center round box 60%> | ||
| - | //**__Padrões & Processos__**// | + | //**__Patterns & Processes__**// |
| - | Junte-se em um grupo de 2 a 4 alunos e discuta quais possíveis processos poderiam gerar os padrões descritos. | + | Get together in a group of 2-4 students and discuss what possible processes could generate the patterns described. |
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| - | | ||
| - | |||
en/ecovirt/roteiro/pad_spat.1663258364.txt.gz · Last modified: 2022/09/15 13:12 by adalardo
Except where otherwise noted, content on this wiki is licensed under the following license: CC Attribution-Noncommercial-Share Alike 4.0 International
