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ecovirt:roteiro:particao:particao_univar [2021/11/16 15:05] amzmartini [Outra hipótese: limitação à dispersão] |
ecovirt:roteiro:particao:particao_univar [2021/11/17 22:09] (atual) prado [Conclusão] |
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Podemos tentar entender as comunidades analisando cada uma das populações de cada espécie presente ou podemos tentar entender o conjunto de espécies como um todo. Aqui vamos analisar a estrutura espacial da abundância de uma espécie fictícia. Começamos com apenas uma espécie porque isso facilita entender os cálculos e suas interpretações. No roteiro seguinte mostraremos como a partição pode ser generalizada para descrever padrões conjuntos de abundância de muitas espécies. | Podemos tentar entender as comunidades analisando cada uma das populações de cada espécie presente ou podemos tentar entender o conjunto de espécies como um todo. Aqui vamos analisar a estrutura espacial da abundância de uma espécie fictícia. Começamos com apenas uma espécie porque isso facilita entender os cálculos e suas interpretações. No roteiro seguinte mostraremos como a partição pode ser generalizada para descrever padrões conjuntos de abundância de muitas espécies. | ||
+ | =====Preparação para o exercício===== | ||
- | ===== Importando os dados para o R ===== | + | Para começar, escolha uma pasta para você guardar os arquivos e resultados deste roteiro em seu computador. |
+ | Copie para essa pasta o arquivo com os dados que vamos usar: | ||
- | Para começar, copie para sua pasta de trabalho o arquivo com os dados que vamos usar: | + | * {{ :ecovirt:roteiro:particao:roteiro1b.csv |}} |
- | * {{roteiro1.csv|roteiro1.csv}} | + | |
+ | |||
+ | Em seguida, abra o programa R, clicando no ícone {{:ecovirt:rlogo.png?nolink&30|}} que está na área de trabalho do seu computador. | ||
+ | |||
+ | Se tudo deu certo até aqui, abrirá uma janela do R como essa: | ||
+ | |||
+ | {{ tela_inicial_r.png?nolink }} | ||
+ | |||
+ | Já com a janela do programa R aberto, o próximo passo será mudar o diretório de trabalho para aquela pasta que você acabou de criar. Com isso será mais fácil importar os dados dos arquivos ".csv" para dentro do ambiente R. | ||
+ | |||
+ | A mudança de diretório deve ser feita da seguinte forma: | ||
+ | * Abra o Menu "Arquivo" (ou "File"); | ||
+ | * Selecione "Mudar dir" (ou "Change dir"); | ||
+ | * Escolha a sua pasta na janela que abrir. | ||
+ | |||
+ | //[Obs. Para Mac, essa opção está no Menu "Misc" e a opção é "Change working dir"]// | ||
+ | |||
+ | |||
+ | Para checar se você está na pasta correta, copie e cole o comando abaixo na linha de comando do R. Atenção: O comando deve ser colado na frente do símbolo ">", circundado em azul na imagem anterior. Este símbolo indica o início da linha de comando ou "prompt", onde você deve escrever comandos para o R. | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | getwd() | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | Após colar, aperte a tecla "enter" e veja se o R retorna o nome da sua pasta. Se sim, ótimo. Se não, chame um monitor ou professor. | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Importando os dados para o R ===== | ||
Agora vamos importar para o R os dados que você gravou em seu diretório. Para isso copie o comando abaixo, cole na linha de comando do R e pressione "enter": | Agora vamos importar para o R os dados que você gravou em seu diretório. Para isso copie o comando abaixo, cole na linha de comando do R e pressione "enter": | ||
<code> | <code> | ||
- | dados <- read.csv2("roteiro1.csv") | + | dados <- read.csv("roteiro1b.csv") |
</code> | </code> | ||
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==== Outra hipótese: limitação à dispersão ==== | ==== Outra hipótese: limitação à dispersão ==== | ||
- | Uma outra ecóloga sabia que a invasão por //Non illum// era recente e havia começado pelo canto superior direito da parcela por sementes trazidas acidentalmente por tucanos, que desapareceram em seguida ((ao que parece tucanos e patos amarelos dispersam apenas uma vez as sementes, pois morrem envenenados por elas)). A ecóloga então propôs que quadrados mais distantes do ponto de entrada tiveram menores chances de serem colonizados. Essa hipótese propõe que a variação da abundância desta planta observada na parcela é resultado apenas da *limitação à dispersão*. A ecóloga criou então um mapa para expressar sua hipótese. Neste mapa (à direita) os quadrados com maior chance de receber sementes estão em tons mais escuros: | + | Uma outra ecóloga sabia que a invasão por //Non illum// era recente e havia começado pelo canto superior direito da parcela por sementes trazidas acidentalmente por tucanos, que desapareceram em seguida ((ao que parece tucanos e patos amarelos dispersam apenas uma vez as sementes, pois morrem envenenados por elas)). A ecóloga então propôs que quadrados mais distantes do ponto de entrada tiveram menores chances de serem colonizados. Essa hipótese propõe que a variação da abundância desta planta observada na parcela é resultado apenas da **limitação à dispersão**. A ecóloga criou então um mapa para expressar sua hipótese. Neste mapa (à direita) os quadrados com maior chance de receber sementes estão em tons mais escuros: |
{{ mapas2.png }} | {{ mapas2.png }} | ||
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==== Teste da hipótese de limitação à dispersão ==== | ==== Teste da hipótese de limitação à dispersão ==== | ||
- | Para testar esta nova hipótese ajustamos a regressão da abundância em função da variável espacial: | + | Para testar esta nova hipótese ajustamos a regressão linear da abundância em função da variável espacial: |
<code> | <code> | ||
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===== Partição da variação entre ambiente e espaço ===== | ===== Partição da variação entre ambiente e espaço ===== | ||
- | Resumindo o que encontramos até aqui: uma variável ambiental (pH) explica 68,6% da variação da abundância da espécie. Mas uma variável de estrutura espacial explica 49,2% desta mesma variação. Como é possível que a soma dos percentuais de variação explicada passem de 100% ? 8-O | + | Resumindo o que encontramos até aqui: uma variável ambiental (pH) explica 68,6% da variação da abundância da espécie. Porém, uma variável de estrutura espacial explica 65,5% desta mesma variação. Como é possível que a soma dos percentuais de variação explicada passem de 100% ? 8-O |
A resposta é que há uma relação entre o pH e a variável de estrutura espacial: | A resposta é que há uma relação entre o pH e a variável de estrutura espacial: | ||
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</code> | </code> | ||
- | O que significa que **a variável ambiental tem uma estrutura espacial**, que é bem descrita | + | O que significa que **a variável ambiental tem uma estrutura espacial**, que é bem descrita pela estrutura espacial proposta pela segunda hipótese. Assim, a variação explicada pelo pH contém uma parte de efeito espacial. Da mesma forma, uma parte da variação explicada pela variável espacial contém efeito do pH. |
- | pela estrutura espacial proposta pela segunda hipótese. Assim, a variação explicada pelo pH contém uma parte de efeito espacial. Da mesma forma, uma parte da variação explicada pela variável espacial contém efeito do pH. | + | |
A esta parte da variação compartilhada chamamos **variação ambiental estruturada no espaço**. No esquema abaixo esta parte da variação explicada é o componente $b$. | A esta parte da variação compartilhada chamamos **variação ambiental estruturada no espaço**. No esquema abaixo esta parte da variação explicada é o componente $b$. | ||
- | {{ particao.png }} | + | {{ :ecovirt:roteiro:particao:particao.png?nolink&700 |}} |
- | O círculo da esquerda representa a variação explicada por uma variável $X$, no caso a variável ambiental. Vemos que a variação explicada por $X$ é a soma do mesmo componente compartilhado $b$ com um componente $a$ que chamamos **fração de variância explicada apenas pelo ambiente**. | + | O círculo da esquerda representa a variação explicada por uma variável $X$, no caso a variável ambiental. Vemos que a variação total explicada por $X$ é a soma do componente compartilhado $b$ com o componente $a$ que chamamos **fração de variância explicada apenas pelo ambiente**. |
- | + | ||
- | Da mesma forma, o círculo da direita representa a variação explicada por uma segunda variável $W$, no caso o espaço. Vemos que $W$ é formado pelo componente compartilhado com a outra variável ($b$) e por uma outra fração $c$, que chamamos de **fração de variância explicada apenas pelo espaço**. | + | |
- | + | ||
- | Da mesma forma, | + | |
- | Por fim, variação total é representada pelo retângulo. A parte não coberta pelos círculos é a variação que não é explicada por nenhuma variável, indicada por $d$. | + | |
+ | Da mesma forma, o círculo da direita representa a variação explicada por uma segunda variável $W$, no caso o espaço. Vemos que $W$ é formado pelo componente $b$ (compartilhado com a outra variável) somado a uma outra fração $c$, que chamamos de **fração de variância explicada apenas pelo espaço**. | ||
+ | Por fim, a variação total é representada pelo retângulo externo. A parte não coberta pelos círculos é a variação que não é explicada por nenhuma variável, indicada por $d$. | ||
==== Variação não explicada ==== | ==== Variação não explicada ==== | ||
Linha 217: | Linha 241: | ||
=====Conclusão===== | =====Conclusão===== | ||
+ | Abaixo o diagram da partição da variação na abundância de //Non illum// nos componentes que definimos neste roteiro: | ||
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+ | {{ :ecovirt:roteiro:particao:venn_univar.png |}} | ||
<WRAP center round help 60%> | <WRAP center round help 60%> |