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ecovirt:roteiro:neutr:neutrar [2022/10/25 01:09] 127.0.0.1 edição externa |
ecovirt:roteiro:neutr:neutrar [2022/10/25 03:28] (atual) |
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+ | {{section>ecovirt:roteiro:avisos#roteiro_r}} | ||
====== Teoria neutra da biodiversidade - Roteiro no R====== | ====== Teoria neutra da biodiversidade - Roteiro no R====== | ||
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{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#teoria_neutra_da_biodiversidade}} | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#teoria_neutra_da_biodiversidade}} | ||
- | ===== A Teoria passo a passo ===== | + | * [[ecovirt:roteiro:math:bebador|O Bêbado e o Abismo]] |
+ | * [[ecovirt:roteiro:math:zerosumr|Um Joguinho Besta]] | ||
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+ | ====== A Teoria passo a passo ====== | ||
- | {{section>ecovirt:roteiro:avisos#roteiro_r}} | ||
{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#a_teoria_passo_a_passo}} | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#a_teoria_passo_a_passo}} | ||
Linha 20: | Linha 26: | ||
{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#parametros}} | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#parametros}} | ||
- | <code> | + | Para realizar as simulações com estes parâmetros, copie o comando abaixo e cole na linha de comando do R. Você verá uma animação da dinâmica neutra de mortes e nascimentos. Ao fim dela, você terá um gráfico com o número de espécies na comunidades, ao longo do tempo: |
- | S = 100 | + | |
- | j = 2 | + | simHub1(S = 100, j = 2) |
- | </code> | + | |
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#sm_simule}} | ||
+ | |||
+ | Para realizar estas simulações, copie e cole os comandos abaixo na linha de comando do R ((O argumento ''anima=FALSE'' desliga as animações, e aumenta a velocidade de processamento.)) : | ||
- | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#simule}} | ||
<code> | <code> | ||
- | S= 100 | + | simHub1(S = 100, j = 2, anima = FALSE, cycles =2e4) |
- | j = 2 a 12, a intervalos de 2 | + | simHub1(S = 100, j = 4, anima = FALSE, cycles =2e4) |
+ | simHub1(S = 100, j = 6, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 8, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 10, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 12, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
</code> | </code> | ||
+ | ==== Questões ==== | ||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#sm_perguntas}} | ||
===== Incluindo Migrações ===== | ===== Incluindo Migrações ===== | ||
Linha 40: | Linha 54: | ||
{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes_cont}} | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes_cont}} | ||
+ | |||
+ | Para isto, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R: | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.1, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.2, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.3, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.4, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.5, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ==== Questões ==== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes_questoes}} | ||
Linha 46: | Linha 76: | ||
{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#uma_metacomunidade_mais_realista}} | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#uma_metacomunidade_mais_realista}} | ||
- | Vamos ver como isso é feito no EcoVirtual. Utilize agora a função **simHub3**. | + | No pacote EcoVirtual a simulação desta dinâmica neutra com uma metacomunidade que também tem uma dinâmica neutra é feita com a função ''simHub3''. |
{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#parametros_simhub3}} | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#parametros_simhub3}} | ||
- | =====Perguntas===== | + | Para executar estas simulações, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R: |
+ | |||
+ | Para isto, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R: | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.1, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.2, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.3, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.4, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.5, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ==== Mais algumas explorações ==== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#exploracoes_simhub3}} | ||
+ | |||
+ | ====Questões==== | ||
- | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#perguntas}} | + | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#questoes_simhub3}} |
===== Para saber mais ===== | ===== Para saber mais ===== |