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ecovirt:roteiro:neutr:neutrar

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ecovirt:roteiro:neutr:neutrar [2016/05/10 07:19]
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ecovirt:roteiro:neutr:neutrar [2022/10/25 03:28] (atual)
Linha 4: Linha 4:
   * [[ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutrar|{{:​ecovirt:​rlogo.png?​20|}}]]   * [[ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutrar|{{:​ecovirt:​rlogo.png?​20|}}]]
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
 +
 +
 +{{section>​ecovirt:​roteiro:​avisos#​roteiro_r}}
  
 ====== Teoria neutra da biodiversidade - Roteiro no R====== ====== Teoria neutra da biodiversidade - Roteiro no R======
Linha 9: Linha 12:
 {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​teoria_neutra_da_biodiversidade}} {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​teoria_neutra_da_biodiversidade}}
  
-===== A Teoria passo a passo =====+  * [[ecovirt:​roteiro:​math:​bebador|O Bêbado e o Abismo]] 
 +  * [[ecovirt:​roteiro:​math:​zerosumr|Um Joguinho Besta]] 
 + 
 + 
 +====== A Teoria passo a passo ======
  
-{{section>​ecovirt:​roteiro:​avisos#​roteiro_r}} 
  
 {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​a_teoria_passo_a_passo}} {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​a_teoria_passo_a_passo}}
  
-Para simular este processo, temos mais uma super-função no EcoVirtual:**simHub1**((além desta, iremos também usar as funções simHub2 e simHub3)).+Para simular este processo, temos mais uma super-função no pacote ​EcoVirtual, chamada ''​simHub1'' ​((além desta, iremos também usar as funções simHub2 e simHub3)).
  
  
 {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​parametros}} {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​parametros}}
  
 +Para realizar as simulações com estes parâmetros,​ copie o comando abaixo e cole na linha de comando do R. Você verá uma animação da dinâmica neutra de mortes e nascimentos. Ao fim dela, você terá um gráfico com o número de espécies na comunidades,​ ao longo do tempo:
 +
 +   ​simHub1(S = 100, j = 2) 
 +
 +{{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​sm_simule}}
 +
 +Para realizar estas simulações,​ copie e cole os comandos abaixo na linha de comando do R ((O argumento ''​anima=FALSE''​ desliga as animações,​ e aumenta a velocidade de processamento.)) :
 +
 +<​code>​
 +simHub1(S = 100, j = 2, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub1(S = 100, j = 4, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub1(S = 100, j = 6, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub1(S = 100, j = 8, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub1(S = 100, j = 10, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub1(S = 100, j = 12, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +</​code>​
 +
 +==== Questões ====
 +
 +{{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​sm_perguntas}}
  
 ===== Incluindo Migrações ===== ===== Incluindo Migrações =====
Linha 28: Linha 54:
  
 {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​incluindo_migracoes_cont}} {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​incluindo_migracoes_cont}}
 +
 +Para isto, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R:
 +
 +<​code>​
 +simHub2(S = 100, j = 2, m = 0, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.1, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.2, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.3, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.4, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.5, anima = FALSE, cycles =2e4)
 +</​code>​
 +
 +
 +==== Questões ====
 +
 +{{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​incluindo_migracoes_questoes}}
  
  
Linha 34: Linha 76:
 {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​uma_metacomunidade_mais_realista}} {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​uma_metacomunidade_mais_realista}}
  
-Vamos ver como isso é feito no EcoVirtual. Utilize agora a função ​**simHub3**.+No pacote ​EcoVirtual ​a simulação desta dinâmica neutra com uma metacomunidade que também tem uma dinâmica neutra é feita com a função ​''​simHub3''​.
  
 {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​parametros_simhub3}} {{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​parametros_simhub3}}
  
-=====Perguntas=====+Para executar estas simulações, ​ copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R: 
 + 
 +Para isto, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R: 
 + 
 +<​code>​ 
 +simHub3(S ​100, j 2, Sm 200, jm 20, nu 1e-9, m 0, anima = FALSE, cycles =2e4) 
 +simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.1, anima = FALSE, cycles =2e4) 
 +simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.2, anima = FALSE, cycles =2e4) 
 +simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.3, anima = FALSE, cycles =2e4) 
 +simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.4, anima = FALSE, cycles =2e4) 
 +simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.5, anima = FALSE, cycles =2e4) 
 +</​code>​ 
 +  
 + 
 +==== Mais algumas explorações ==== 
 + 
 +{{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​exploracoes_simhub3}} 
 + 
 +====Questões====
  
-{{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​perguntas}}+{{section>​ecovirt:​roteiro:​neutr:​neutra_base#​questoes_simhub3}}
  
 ===== Para saber mais ===== ===== Para saber mais =====
ecovirt/roteiro/neutr/neutrar.1462875558.txt.gz · Última modificação: 2016/05/10 07:19 por 127.0.0.1