* [[.:tradeoff|{{:ecovirt:logorcmdr01.png?20|}}]] * [[.:tradeoffr|{{:ecovirt:rlogo.png?20|}}]] ====== Demandas Conflitantes - Roteiro no R====== {{section>.:tradeoff_base#demandas_conflitantes}} === R: Tradeoff === Vamos fazer um gráfico desse cenário de abundâncias para 10 espécies sendo a proporção de manchas ocupadas pela melhor competidora 20%: x11() # abre uma nova janela gráfica S=10 # número de espécies no sistema no início da simulaçao i=1:S # posição da espécie no classificação de competição i d=0.2 # potencial de manchas ocupadas pela melhor competidora p=d*(1-d)^(i-1) # proporção de manchas ocupadas por cada espécie no equilíbrio p plot(i, p, type="b", ylab="Proporção de manchas ocupadas", xlab="Ordem das espécies") Vamos adicionar os valores de taxas de colonização no nosso gráfico anterior, calculados para uma taxa de extinção igual a 0.04 para todas as espécies: pe=0.04 c= pe/(1-d)^(2*i-1) c par(mfrow=c(1,2)) plot(i, p, type="b", ylab="Abundância Proporcional", xlab="Ordem de classificação da espécie") plot(i, c, type="b", col="red", ylab="Taxa de Colonização", xlab="Ordem de classificação da espécie" ) Essa é nossa situação de equilíbrio na comunidade, uma distribuição geométrica de abundâncias com a mais abundante chegando a 20% e com um taxa de extinção de 4% para todas as espécies. Varie o parâmetro **//d//** (abundância do melhor competidor) e acompanhe o que acontece com o gráfico e responda: - Por que a variação da proporção de manchas de apenas uma espécie é acompanhada de uma mudança geral? - O que acontece quando seleciona valores próximos a 0 e próximos a 1? O que isso significa? ===== O modelo ===== {{section>.:tradeoff_base#o_modelo}} {{section>ecovirt:roteiro:avisos#roteiro_r}} ==== Argumentos ==== Utilize a função **comCompete(tmax, rw, cl, S, fi, fr, pe, fsp1, int)** do pacote EcoVirtual no R, onde os argumentos são os seguintes: {{section>.:tradeoff_base#argumentos}} **DICAS** Salve cada simulação em um objeto de nome diferente. Para isso, escreva um nome (teste1, teste2...) e coloque uma seta (<-) antes de cada simulação. Veja abaixo: teste5 <- comCompete(tmax=1000, rw=100, cl=100, S=10,fi=0.2, fr=0, pe=0.04, fsp1=0.2, int=0) Desta forma o resultado da simulação é salvo em objetos diferentes e podemos depois usar esses resultados. Por exemplo, podemos estar interessados em ver quais as espécies mais abundantes no final da simulação, por exemplo nos 10 últimos ciclos: tf5=dim(teste5)[2] teste5[,(tf5-10):tf5] Podemos contar o número de espécies ao longo do tempo, da seguinte forma: apply(teste5>0, 2, sum) Caso queira fazer alguma outra operação com os dados resultantes das simulações, contate um monitor ou professor. ===== Testando o Modelo ===== {{section>.:tradeoff_base#testando_o_modelo}} ===== Incluindo distúrbios ===== {{section>.:tradeoff_base#incluindo_disturbios}} ===== Referências ===== {{section>.:tradeoff_base#referencias}} {{tag>R multipopulações comunidades competição disturbio sucessão}}