✎ Teoria neutra da biodiversidade

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====== Teoria neutra da biodiversidade - Roteiro no R======

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  * [[ecovirt:roteiro:math:bebador|O Bêbado e o Abismo]]
  * [[ecovirt:roteiro:math:zerosumr|Um Joguinho Besta]]


====== A Teoria passo a passo ======


{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#a_teoria_passo_a_passo}}

Para simular este processo, temos mais uma super-função no pacote EcoVirtual, chamada ''simHub1'' ((além desta, iremos também usar as funções simHub2 e simHub3)).


{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#parametros}}

Para realizar as simulações com estes parâmetros, copie o comando abaixo e cole na linha de comando do R. Você verá uma animação da dinâmica neutra de mortes e nascimentos. Ao fim dela, você terá um gráfico com o número de espécies na comunidades, ao longo do tempo:

   simHub1(S = 100, j = 2) 

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#sm_simule}}

Para realizar estas simulações, copie e cole os comandos abaixo na linha de comando do R ((O argumento ''anima=FALSE'' desliga as animações, e aumenta a velocidade de processamento.)) :

<code>
simHub1(S = 100, j = 2, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub1(S = 100, j = 4, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub1(S = 100, j = 6, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub1(S = 100, j = 8, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub1(S = 100, j = 10, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub1(S = 100, j = 12, anima = FALSE, cycles =2e4)
</code>

==== Questões ====

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#sm_perguntas}}

===== Incluindo Migrações =====

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes}}

Utilize agora a função **simHub2**, que além dos parâmetros da função anterior tem também o parâmetro $m$ para imigração. 

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes_cont}}

Para isto, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R:

<code>
simHub2(S = 100, j = 2, m = 0, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.1, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.2, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.3, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.4, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.5, anima = FALSE, cycles =2e4)
</code>


==== Questões ====

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes_questoes}}


===== Uma Metacomunidade mais Realista =====

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#uma_metacomunidade_mais_realista}}

No pacote EcoVirtual a simulação desta dinâmica neutra com uma metacomunidade que também tem uma dinâmica neutra é feita com a função ''simHub3''.

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#parametros_simhub3}}

Para executar estas simulações,  copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R:

Para isto, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R:

<code>
simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.1, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.2, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.3, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.4, anima = FALSE, cycles =2e4)
simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.5, anima = FALSE, cycles =2e4)
</code>
 

==== Mais algumas explorações ====

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#exploracoes_simhub3}}

====Questões====

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#questoes_simhub3}}

===== Para saber mais =====

{{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#para_saber_mais}}


{{tag>R comunidades teoria_neutra}}
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