Diferenças

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prado
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adalardo
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+  * [[ecovirt:roteiro:pop_str:pstr_seexcel|{{:ecovirt:logcalc.jpg?20|}}]]
+  * [[ecovirt:roteiro:pop_str:pstr_ser|{{:ecovirt:rlogo.png?direct&35|}}]]
+  * [[ecovirt:roteiro:pop_str:pstr_segoogle|{{:ecovirt:roteiro:pop_str:googleLogoPq.png?30|}}]]
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+====== Sensibilidade e elasticidade em modelos matriciais - Roteiro com planilhas ======
+Um instrumento importante nas análises de [[[[ecovirt:roteiro:pop_str:pstr_mtexcel|modelos populacionais matriciais]] é entender como as probabilidades de transição e permanência de cada classe afetam o crescimento da população. As quantidades que expressam isso são chamadas sensibilidade e elasticidade. São ferramentas poderosas tanto para o entendimento de diferentes estratégias de história de vida quanto para o manejo de populações ameaçadas, ou mesmo para o seu uso sustentável.
+Sensibilidade e elasticidade medem a contribuição de cada elemento da matriz de transição para a composição da taxa de crescimento ($\lambda$, ou lambda). A sensibilidade mede a contribuição absoluta, enquanto a elasticidade é uma medida relativa dessa contribuição.
+Neste exercício vamos utilizar um método numérico de perturbação da matriz de transição para o cálculo da contribuição para a taxa de crescimento de cada probabilidade na matriz. Basicamente, o que faremos é variar um pouco cada um dos valores da matriz de transição de cada vez e ver como a taxa de crescimento assintótica ($\lambda$) se modifica. Esse método é chamado por alguns autores de “the easy brute force method”. Existem métodos mais robustos e com respostas mais exatas, mas os cálculos são mais complexos e menos intuitivos (veja seção "[[#para_saber_mais|para saber mais]]").
+Vamos aplicar as perturbações às mesmas matrizes usadas no roteiro de [[ecovirt:roteiro:pop_str:pstr_mtexcel|introdução a matrizes de transição]]. São dados reais de populações do cacto //Escobaria robbinsorum// e do palmito //Euterpe edulis//.
+===== Elasticidade e Sensibilidade da população de Escobaria robbinsorum =====
+  * **1.** Baixe e abra a planilha para {{:ecovirt:roteiro:pop_str:cactus_elasticidade.xls|análise de elasticidade}} de //Escobaria robbinsorum//. Nessa planilha, temos no início a matriz de transição original. Para ter certeza que está visualizando essa matriz, role a tela até a célula ''A1'' da planilha. Logo abaixo temos a "matriz para projeção da população e cálculo do lambda", na qual [[ecovirt:roteiro:pop_str:pstr_mtexcel|todo o procedimento utilizado para calcular a taxa de crescimento]] ($\lambda$) a partir da projeção da população já está implementado. Para sua facilidade, anote, ao lado da matriz de transição original, o valor de lambda obtido com os valores originais.
+  * **2.** Na "Matriz para projeção da população e cálculo do lambda", produza uma pequena perturbação na probabilidade de permanência na classe 1 (plântula->plântula) de 0,001. Ou seja, modifique o valor da célula adicionando 0,001. Note que ao modificar o valor dessa célula, os valores de projeção irão mudar. Verifique se ocorre uma estabilização do valor de lambda. O valor estabilizado é a nova taxa de crescimento (lambda) da população a partir da perturbação produzida.
+  * **3.** Calculando a Sensibilidade: À direita da "Matriz de Sensibilidade" estão as informações que você precisa para calcular a sensibilidade e ao final uma célula com a fórmula já preparada, baseada na seguinte equação((a definição matemática de eslasticidade é a derivada de $\lambda$ em relação a $a_{ij}$. A equação a seguir é uma aproximação numérica que funciona com pequenas perturbações. Para saber mais, veja a seção ... [[#para_saber_mais|Para saber mais]] ;-)  )):
+ $$S_{1,1} =\frac{ \lambda_{pert} - \lambda_{orig}}{a_{pert(1,1)} - a_{orig(1,1)}}$$
+  * Antes de começar a calcular, observe as fórmulas na planilha e certifique-se de que está entendendo o que está sendo calculado. O valor calculado para a sensibilidade ao modificar a classe 1 (plântula->plântula) deve ser copiado para a célula 1 da "Matriz de Sensibilidade" usando o recurso **EDITAR/COLAR ESPECIAL/VALORES**.
+  * **4.** Repita esse procedimento para todas as probabilidades de transição (ou seja, plântula->juvenil; plântula->adulto; etc.) e complete sua Matriz de Sensibilidade.
+  * **DICA: Lembre-se que você deve perturbar um elemento da matriz por vez. Os outros ficam com seu valor original. Então, quando for repetir o procedimento para a probabilidade de transição seguinte, é importante retornar o valor da célula que estava sendo analisada antes ao valor original. Para se certificar de que está modificando apenas o valor que interessa no momento, utilize a matriz original no topo da planilha para conferir se os demais valores estão iguais.**
+  * Verifique qual das probabilidades de transição produz o maior efeito sobre a taxa de crescimento populacional (lambda).
+  * **5.** Para o cálculo da elasticidade é só dividir cada diferença da fórmula acima pelo valor original para que as diferenças sejam expressas em proporção. Uma alternativa é multiplicar o valor de Sensibilidade pela razão entre a taxa original e o lambda original:
+  $$\frac {a_{orig(1,1)}} {\lambda_{orig}} $$
+<box 75% center red |Portanto, a elasticidade é: >
+$$ E_{ij} = \frac {a_{orig(ij)}} {\lambda_{orig}} S_{ij} \   $$
+</box>
+  * **6.** Então, finalmente, na "Matriz de Elasticidade", monte, para cada célula, uma fórmula para calcular a Elasticidade, de acordo com a equação indicada acima. Verifique agora qual das células produz o maior efeito sobre a taxa de crescimento populacional(lambda).
+===== Elasticidade e Sensibilidade na população de Palmito =====
+   * **1.**  Baixe e abra a planilha para {{:ecovirt:roteiro:pop_str:palmitos_elasticidade.xls|análise de elasticidade de palmito}} (obtida a partir dos dados de Silva Matos et al. 1999).
+   * **2.** Descubra um ponto vulnerável dessa população de palmitos. Escolha **dois** elementos da matriz de transição de palmito que você considere o mais importante e o menos importante para a viabilidade desta população. Calcule a sensibilidade e a elasticidade **destes dois elementos** e verifique se os valores confirmam sua suspeita.
+===== Para saber mais =====
+==== Bibliografia básica ====
+Caswell, H. 2001. Matrix Population Models (Second edition), Sinauer Associates, Sunderland.
+Freckleton, R.P., Silva Matos, D.M., Bovi, M.L.A & Watkinson, A.R. 2003. Predicting the impacts of harvesting using structured population models: the importance of density-dependence and timing of harvest for a tropical palm tree. Journal of Applied Ecology, 40: 846-858.
+Gotelli, N. J. 2007. Ecologia. Cap.3- Crescimento Populacional Estruturado. Pp. 49-82. Ed. Planta.
+Gurevitch, J, Scheiner, S.M, Fox, G.A. 2009. Ecologia Vegetal. Cap. 5 -  Ed. Artmed, São Paulo.
+Silva Matos, D.M., Freckleton, R.P. & Watkinson, A.R. 1999. The role of density dependence in the population dynamics of a tropical palm. Ecology, 80: 2635-2650.
+==== Exemplos de aplicação ====
+[[http://www.whoi.edu/hpb/Site.do?id=1030|Hal Caswell]] é o principal pesquisador na área de modelos matriciais em ecologia. Seu [[http://www.amazon.com/Matrix-Population-Models-Hal-Caswell/dp/0878930965|livro]] é a referência básica sobre o assunto.
+Caswell publicou muitas aplicações interessantes de modelos matriciais. Um ótimo exemplo de aplicação de análise elasticidade está  [[http://www.nature.com/nature/journal/v414/n6863/full/414537a.html| aqui]].
+===Programas===
+Neste roteiro fizemos os cálculos passo a passo e com algumas aproximações numéricas para compreender os conceitos. Na vida real pesquisadores usam ferramentas computacionais que fazem os cálculos precisos e de um jeito mais prático. Para saber mais veja a apresentação ao pacote [[http://www.inside-r.org/packages/cran/popbio/docs/01.Introduction|popbio]] do ambiente de programação estatística [[http://www.r-project.org|R]]:
+  * Stubben, C., & Milligan, B. (2007). Estimating and analyzing demographic models using the popbio package in R. [[http://www.jstatsoft.org/v22/i11|Journal of Statistical Software, 22(11), 1-23]].
+{{tag>planilha uma_população população_estruturada }}

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