Aqui você vê as diferenças entre duas revisões dessa página.
Ambos lados da revisão anterior Revisão anterior Próxima revisão | Revisão anterior | ||
ecovirt:roteiro:neutr:neutrar [2013/09/09 23:25] prado |
ecovirt:roteiro:neutr:neutrar [2022/10/25 02:31] 127.0.0.1 edição externa |
||
---|---|---|---|
Linha 1: | Linha 1: | ||
+ | |||
+ | <WRAP tabs> | ||
+ | * [[ecovirt:roteiro:neutr:neutrarcmdr|{{:ecovirt:logorcmdr01.png?20|}}]] | ||
+ | * [[ecovirt:roteiro:neutr:neutrar|{{:ecovirt:rlogo.png?20|}}]] | ||
+ | </WRAP> | ||
+ | |||
+ | ====== Teoria neutra da biodiversidade - Roteiro no R====== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#teoria_neutra_da_biodiversidade}} | ||
+ | |||
+ | * [[ecovirt:roteiro:math:bebador|O Bêbado e o Abismo]] | ||
+ | * [[ecovirt:roteiro:math:zerosumr|Um Joguinho Besta]] | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====== A Teoria passo a passo ====== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:avisos#roteiro_r}} | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#a_teoria_passo_a_passo}} | ||
+ | |||
+ | Para simular este processo, temos mais uma super-função no pacote EcoVirtual, chamada ''simHub1'' ((além desta, iremos também usar as funções simHub2 e simHub3)). | ||
+ | |||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#parametros}} | ||
+ | |||
+ | Para realizar as simulações com estes parâmetros, copie o comando abaixo e cole na linha de comando do R. Você verá uma animação da dinâmica neutra de mortes e nascimentos. Ao fim dela, você terá um gráfico com o número de espécies na comunidades, ao longo do tempo: | ||
+ | |||
+ | simHub1(S = 100, j = 2) | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#sm_simule}} | ||
+ | |||
+ | Para realizar estas simulações, copie e cole os comandos abaixo na linha de comando do R ((O argumento ''anima=FALSE'' desliga as animações, e aumenta a velocidade de processamento.)) : | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 2, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 4, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 6, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 8, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 10, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub1(S = 100, j = 12, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | ==== Questões ==== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#sm_perguntas}} | ||
+ | |||
+ | ===== Incluindo Migrações ===== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes}} | ||
+ | |||
+ | Utilize agora a função **simHub2**, que além dos parâmetros da função anterior tem também o parâmetro $m$ para imigração. | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes_cont}} | ||
+ | |||
+ | Para isto, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R: | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.1, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.2, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.3, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.4, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub2(S = 100, j = 2, m = 0.5, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ==== Questões ==== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#incluindo_migracoes_questoes}} | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== Uma Metacomunidade mais Realista ===== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#uma_metacomunidade_mais_realista}} | ||
+ | |||
+ | No pacote EcoVirtual a simulação desta dinâmica neutra com uma metacomunidade que também tem uma dinâmica neutra é feita com a função ''simHub3''. | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#parametros_simhub3}} | ||
+ | |||
+ | Para executar estas simulações, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R: | ||
+ | |||
+ | Para isto, copie e cole os seguintes comandos na linha de comando do R: | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.1, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.2, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.3, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.4, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | simHub3(S = 100, j = 2, Sm = 200, jm = 20, nu = 1e-9, m = 0.5, anima = FALSE, cycles =2e4) | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ==== Mais algumas explorações ==== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#exploracoes_simhub3}} | ||
+ | |||
+ | ====Questões==== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#questoes_simhub3}} | ||
+ | |||
+ | ===== Para saber mais ===== | ||
+ | |||
+ | {{section>ecovirt:roteiro:neutr:neutra_base#para_saber_mais}} | ||
+ | |||
+ | |||
+ | {{tag>R comunidades teoria_neutra}} | ||